1944 m. liepos 1 d. Lietuvos laisvės armija (įkurta 1941 m. gruodį) paskelbė karo padėtį, išleido įsakymą dislokuoti savo padalinius miškuose ir ruoštis partizaniniam karui prieš sovietinę okupaciją, už Lietuvos nepriklausomybę.

LLA deklaravo, kad neturi nei mažiausio pasitikėjimo kuria nors kaimynine valstybe, Lietuvos likimą siejo ne su kitų didžiųjų valstybių likimu, bet su didžiausiomis savo ir kitų lietuvių pastangomis. Visa LLA buvo padalyta į du padalinius: veikiantįjį sektorių (VS), pavadintą „Vanagais“, ir organizacinį sektorių (OS). „Vanagai“ – tai ginkluoti partizanai, OS – sėslieji partizanai, užsiimantys veikiančiojo sektoriaus aprūpinimu maistu, transportu, informacija, ryšiais.

Nuo pat pirmų savo veikimo dienų Lietuvos Laisvės armija rengėsi kovai su okupantais, nepalaikė artimesnių ryšių su kitomis pasipriešinimo organizacijomis. Laisvės armija kartais jas kaltindavo per daug teigiamu nusistatymu vokiečių atžvilgiu. Vyriausiame Lietuvos Išlaisvinimo komitete Lietuvos Laisvės armija nedalyvavo, nes ji buvo karinė, o ne politinė organizacija. 1944 metais Laisvės armija buvo neblogai susiorganizavusi. Visa Lietuvos teritorija buvo padalyta į LLA apygardas, apygardos turėjo savo vadus ir štabus; apskrityse veikė rinktinės, valsčiuose — apylinkės su vadais ir štabais. Organizavimo darbai sklandžiausiai vyko vakarinėje Lietuvoje, kur veikė Šiaulių Lietuvos Laisvės armijos apygarda, apimanti Šiaulių, Mažeikių, Kretingos ir Tauragės apskritis. Norint suprasti Lietuvos Laisvės armijos vaidmenį ginkluoto pasipriešinimo pradžioje, reikia nustatyti, kaip staigus Raudonosios Armijos įsiveržimas į Lietuvą paveikė Laisvės armijos organizacinę struktūrą ir jos pajėgumą vykdyti kovos uždavinius. Nors Lietuvos Laisvės armija ilgai rengėsi ginkluotai kovai, ją, kaip ir daugumą rezistencinių organizacijų, gana netikėtai ištiko staigus tarybinės kariuomenės prasiveržimas Baltarusijoje ir žaibiškas didesnės Lietuvos dalies okupavimas.

1944 m. gruodžio 28 d. žuvo vyriausiasis LLA vadas Kazys Veverskis. 1945 m. sunaikinta daug štabų ir vadų – gruodžio mėn. likviduotas vyriausiosios vadovybės štabas, vadovaujamas gen. Motiejaus Pečiulionio. Kovos būrių neprasiveržimas nebuvo didžiausia Lietuvos Laisvės armijos problema. Dalis numatytų vadų pasitraukė į Vakarus. Kai kurie svarbiausi nariai veikiai žuvo, tarp jų LLA steigėjas ir vadas Kazys Veverskis, kaip minėta, paskutinėmis 1944 m. dienomis buvo nukautas prie Raudondvario, kai vežė Laisvės Armijos archyvus iš Veliuonos į Kauną. Jei galima pasitikėti tarybiniais šaltiniais, tada LLA vadovavimą perėmė Adolfas Eidimtas. Jo pagrindiniai pavaduotojai ir talkininkai Albinas Karalius, Adolfas Kubilius daugiau laiko ir energijos skyrė organizacijos struktūrai, negu pasipriešinimo veiksmams. Lietuvoje buvo likę nemažai Lietuvos laisvės armijos narių arba jai prijaučiančių, bet iki 1945 metų vidurio, kai partizaninis karas jau buvo įsiliepsnojęs, centrinio LLA štabo veikla buvo palyginti ribota. Antai 1945 metais kovo mėnesį Adolfas Kubilius jau buvo užmezgęs ryšius su LLA padaliniais Telšių, Kretingos ir Mažeikių apskrityse, sudarė Laisvės Armijos Žemaitijos štabą, pavadintą Žemaitijos legiono štabu, bet po pusantro mėnesio buvo saugumo suimtas. Adolfas Eidimtas irgi turėjo nemaža sunkumų. Jis palaikė ryšius su Kubiliumi, mėgino organizuoti LLA Kaune, bet dar vykstant karui jis buvo suimtas.

1946 m. LLA dar buvo likę daug žemesniųjų vadų, struktūrų ir nemažai narių. LLA drauge su LAF ir VLIK aktyvistais, Šauliais, Lietuvos kariuomenės kariais, represuotųjų bei ištremtų giminėmis, sudarė pagrindą partizaninei kovai Lietuvoje. Ji įsiliejo į Lietuvos laisvės kovos sąjūdžio (LLKS) struktūras.