Juozas Bakšys gimė 1884 m. rugsėjo 4 d. Utenos apskrityje Kuktiškių valsčiuje Asmalų kaime, ūkininkų Jurgio ir Cecilijos Bakšių šeimoje. Be jo šeimoje augo dar dvi seserys ir brolis. Tėvai iš Asmalų sodžiaus prieš 1898 m. persikėlė į Suolelius (Utenos parapijoje), kuriuose įsigijo apie 50 ha žemės. Prieš 1908 m. tėvas nusipirko Paraudės vienkiemį su 12 ha žemės iš Žulių, o Raudžio ežerą (dokumente „Raudės“) – iš Pakalnio. Vienkiemis buvo labai senas, prie pat ežero, namas mažas. Tad, vėliau persikėlė gyventi į Uteną, kurioje nusipirko namą. Tėvas J. Bakšys stengėsi prasimanyti lėšų: supirkinėjo ir pardavinėjo ūkius Suoleliuose, Paraudėje, nes Juozą ir kitą jaunesnį sūnų Joną (jis mirė Panevėžyje 1918 m. vasario 4 d. apsikrėtęs dėmėtąja šiltine – aut. past.) leido mokytis į kunigus, dukterys taip pat įgijo mokslo.
 

Juozas mokėsi Kuktiškių pradinėje mokykloje. Mokslas jam labai gerai sekėsi, todėl tėvai ryžosi ir toliau leisti jį mokytis. Nuvežtas į Švenčionis, J. Bakšys išlaikė egzaminus į antrąją miesto mokyklos klasę. Baigęs keturias klases, jis dvejus metus Vilniuje mokėsi privačiai. 1903 m. išlaikė stojamuosius egzaminus į Vilniaus dvasinę seminariją. Egzaminus išlaikė gerai, tačiau susirinko daug tokių kandidatų, kuriems buvo atėjęs karinės prievolės atlikimo laikas, tad J. Bakšiui patarta vienerius metus palaukti ir pasimokyti lotynų kalbos. Grįžęs gyventi pas tėvus, jiems padėjo ūkyje. 1904 m. įstojo į seminariją; čia besimokant pradėjo formuotis jo tautiškasis supratimas ir pažiūros. 1908 m. pavasarį Juozas baigė seminariją su pagyrimu ir buvo įšventintas į kunigus. Kadangi pasirodė gabus, jam pasiūlyta tęsti studijas. Todėl vasarą pasimokęs vokiečių ir prancūzų kalbų, tais pačiais metais išvažiavo į Austriją. Insbruko universitete pradėjo studijuoti teologiją. 1912 m. baigė universitetą ir įgijo teologijos daktaro laipsnį. Jis pasižymėjo nepaprastu darbštumu, visada ir visur buvo atviras, nemokėjo veidmainiauti. Gyvendamas Austrijoje beveik negaudavo paramos iš tėvų. J. Bakšys pats užsidirbdavo tarnaudamas sanatorijoje kaip kapelionas, o vasaros atostogų metu mokydavo pasiturinčių šeimų vaikus. Iš universiteto vėl grįžo į, anot jo, mylimiausią ir romantiškiausią Vilnių. Dvasinei valdžiai reikalaujant, 1912 m. išlaikęs valstybinius egzaminus Peterburgo dvasinėje katalikų akademijoje ir gavęs diplomą maxima cum laude, nuo 1913 m. buvo paskirtas Vilniaus Visų Šventųjų bažnyčios vikaru.

Bendradarbiaudamas lietuviškoje spaudoje, ypač „Vienybėje“ (dar nuo 1909 m.), „Aušroje“ (nuo 1913 m.), greitai įgijo priešų, nes tiesaus būdo ir griežto tautiško nusistatymo lietuvybės klausimais kunigas lietuvis Vilniuje tuomet buvo lenkomanų nekenčiamas. O Vilniaus vyskupijos administracija, veikiai sužinojusi, kad kun. J. Bakšys yra laikraščio bendradarbis, nusprendė jį iškelti ir paskyrė eiti vikaro pareigas Balstogėje. Vargais negalais „Aušros“ redaktorius ir leidėjas pasirūpino, kad jis galėtų likti gyventi Vilniuje ir būtų nuolatinis „Aušros“ redakcijos bendradarbis. 1914 m. kovo 6 d. atsisakęs pareigų Visų Šventųjų bažnyčioje, kun. J. Bakšys nuolat dirbo „Aušros“ redakcijoje. Birželio 14 d. „Aušros“ redaktoriui prof. kun. P. Kraujaliui išvykus dviems mėnesiams į užsienį, kun. J. Bakšys pats laikraštį redagavo iki pat vokiečių okupacijos, išskyrus paskutinius 6 numerius, kuriuos, išvykus jam į tėviškę pailsėti, suredagavo „Aušros“ bendradarbis V. Bičiūnas.

Vilniaus krašte lietuvių tautiškas susipratimas buvo labai silpnas. Dauguma nežinojo apie atbundančios tautos reikalus. Buvo nemažai ir tokių tamsuolių, kurie žiūrėjo į lietuvių kalbą su panieka, vengė lietuvio vardo. „Aušra“ kaip tik ir pasiryžo pritraukti tokius lietuvius atgal prie savo kalbos ir tėvynės meilės bei tautiško susipratimo. Visa tai buvo didelis nuopelnas ir kun. J. Bakšio. Jis stengėsi neužgauti asmenų, nelietė lietuvių – lenkų ginčo aštrioje formoje, ir tokiu būdu „Aušra“ pasidarė populiariausiu laikraščiu Vilniaus krašte, o neturtingi gyventojai jį gausiai prenumeravo ir laikė geriausiu savaitraščiu. „Aušra“ buvo labai mėgiama ir dėl to, kad jos kalba buvo paprasta, kaimietiška, buvo rašoma taip, kaip žmonės kalbėjo. Kun. J. Bakšys tyčia nevengė barbarizmų, tačiau greta jų skliausteliuose rašydavo ir lietuvišką žodį, todėl laikraščio skaitytojai pramokdavo taisyklingai lietuviškai kalbėti.

Tokie kun. J. Bakšio patriotiniai darbai nepatiko lenkų dvasininkams, ypač jo tiesioginiams viršininkams. 1915 m. balandžio 10 d. Vilniaus vyskupijos administratorius K. M. Michalkevičius (sulenkėjęs lietuvis), norėdamas atitraukti kun. J. Bakšį nuo spaudos darbo, paskyrė jį į Semeliškes klebonu, kol sugrįš iš Kaukazo fronto karo kapelionas, tos parapijos klebonas kun. dr. J. Stepanavičius. Tačiau kun. J. Bakšys šio nemalonaus jam paskyrimo išvengė ir vėl pasiliko Vilniuje.

Kun. J. Bakšys parodė daug energijos ir pasiaukojimo. Dirbo ne tik redaktoriaus darbus, jam labai rūpėjo ir visuomeniniai reikalai. Be tiesioginių pareigų dar skaitė paskaitas Vilniaus lietuvių liaudies mokytojų kursuose, steigė lietuviškas organizacijas, rengė susirinkimus. Jis vadovavo Vilniaus blaivininkams, būdamas „Blaivybės“ draugijos pirmininkas, suorganizavo „Katalikų vyrų draugiją“, o 1916 m. spalio mėn. kartu su kitais kunigais įsteigė „Katalikų darbininkų draugiją“ ir prie jos labdaros valgyklą. Didžiausias kun. J. Bakšio rūpestis buvo lietuvių tautos reikalų gynimas. Jis ne kartą su dr. J. Basanavičiumi, A. Stulginskiu, kun. J. Kukta lankėsi pas Vilniaus vokiečių karo valdžios burmistrą Pohlių, prašydamas skirti iš lietuvių du burmistro patarėjus.

Vokiečiams okupavus Vilnių, „Aušra“ (nuo 1915 m. rugsėjo 7 d.), kaip ir kiti lietuviški laikraščiai, buvo draudžiama leisti. Prasidėjo sunki vokiečių okupacija, nes Vokietija traktavo Lietuvą kaip priešo žemę – Rusijos krašto dalį. Buvo įvesti karo lauko teismai, suvaržytas susisiekimas, rekvizicijos alino kraštą. Rekvizicijos buvo nepaprastai sunkios, nes Lietuva turėjo aprūpinti maistu ne tik čia veikiančią vokiečių 10-ąją armiją, maisto gaminiai dar būdavo išvežami ir į Vokietiją. Lietuvos ūkininkai buvo apkrauti visokiais mokesčiais, turėjo atiduoti labai daug grūdų, mėsos, pieno, kiaušinių ir kitokių ūkio produktų. Buvo įvesta kortelių sistema. Krašte, ypač miestuose, pritrūko maisto. 1916 m. Vilniuje net kilo badas. Vyrai buvo imami darbams į pafrontę, miškų kirsti, kelių tiesti, o kiti siunčiami Vokietijon į kasyklas, dvarus.

Vokiečių okupacijos pradžioje, 1915 m. rugsėjo 23 d., Vilniuje visų lietuvių politinių srovių atstovai atskirai nuo lenkų suorganizavo slaptą „Lietuvių komitetą politikos klausimams svarstyti“ (sutrumpintai – Politikos komitetą) gyventojų interesams ginti vokiečių valdžios įstaigose. Jis vadovavo slaptai organizuotai lietuvių politinei veiklai.

Kadangi rusams valdant Lietuvą savivaldybių nebuvo, nebuvo ir jokios organizuotos iniciatyvos nukentėjusiems nuo karo šelpti. Dar karo pradžioje, 1914 m. rugpjūčio 11 d., Politikos komiteto ir visuomenės veikėjų pastangomis buvo įsteigtas Vilniaus „Lietuvių komitetas nukentėjusiems dėl karo šelpti“. Į valdybą išrinkta 20 asmenų. Šio komiteto pirmininkė trumpai buvo Viktorija Landsbergienė, vėliau – advokatas Andrius Bulota, jo padėjėjas (vicepirmininkas) – kun. J. Bakšys, iždininkas – kun. Juozas Kukta. Tai buvo pirmasis komitetas nukentėjusiems nuo karo šelpti Rusijos šiaurės vakarų krašte. Jis ieškojo lėšų, steigė labdaros valgyklas, prieglaudas, senelių ir moksleivių bendrabučius, maisto dalijimo punktus, arbatines, mokyklas, parapinius komitetus, teikė pašalpą pinigais, drabužiais, maisto produktais, įsteigė pedagogų kursus, rūpinosi kultūriniais reikalais. Komitetas nuo pat pradžios jau globojo 257 asmenis. Greitai šių globotinių buvo 500, o 1914 m. pabaigoje jau šelpta apie 1 000 asmenų. 1915 m. vasarą vien Vilniuje jau buvo apie 15 000 pabėgėlių ir tremtinių, o netoli Vilniaus, Sudervės bažnytkaimyje, irgi buvo sutelkta 3 000 pabėgėlių, kuriais rūpinosi Lietuvių komitetas. Nuo 1915 m. sausio 11 d. Vilniaus „Lietuvių komitetas nukentėjusiems dėl karo šelpti“ perorganizuotas į „Lietuvių Draugiją nukentėjusiems dėl karo šelpti“, kuri veikė jau visoje Lietuvoje. Kartu organizuota „Maisto sekcija“, kuri rūpinosi reikalingiausių maisto produktų pristatymu. 1915 m. vasario 28 d. buvo įsteigta speciali sekcija (S. Šilingas, J. Basanavičius, A. Smetona) rusų visuomenei informuoti apie lietuvius ir Lietuvos padėtį. Lietuvių veikėjai kaip draugijos nariai dalyvavo Rusijos žemietijų („zemstvų“) ir miestų sąjungų suvažiavimuose. Bandyta užmegzti ryšius su užsienyje gyvenančiais lietuviais ne tik Lietuvos šelpimo, bet ir politinės veiklos koordinavimo reikalais. 1915 m. liepos 1 d. Lietuvių draugija turėjo 122 skyrius. Draugijos skyriai provincijoje buvo kaip lietuvių visuomenės organizacijos branduolys. Vilniaus skyrius išlaikė 47 bendrabučius su 2 545 žmonėmis. Kun. J. Bakšys uoliai darbavosi kaip „Lietuvių Draugijos nukentėjusiems dėl karo šelpti“ Centro komiteto narys. Išlikusioje 1917 m. Centro komiteto narių nuotraukoje kun. J. Bakšys yra tarp žymių Lietuvos visuomenės veikėjų: dr. Jono Basanavičiaus, Antano Smetonos, Mykolo Biržiškos, Donato Malinausko, Jokūbo Šerno, dr. Antano Vileišio, Emilijos Vileišienės, Aleksandro Stulginskio, Antano Žmuidzinavičiaus, kun. kan. Juozo Kuktos, kun. dr. Juozo Stankevičiaus, kun. Povilo Dogelio ir kt. Komitetas buvo įsikūręs Didžiojoje gatvėje, tame pačiame kambaryje, kuriame 1918 m. vasario 16 d. buvo paskelbta Lietuvos valstybės nepriklausomybė.

Prasidėjus aktyviau reikštis lietuvių politinei veiklai, vokiečių okupacinė valdžia Centro komiteto pirmininką Antaną Smetoną 1916 m. vasario 12 d. privertė pasirašyti pasižadėjimą, kad Komiteto veikla apsiribos tik Vilniumi ir jokiais politiniais bei tautiniais reikalais nesidomės. Suprasdami didelę Komiteto reikšmę ir vaidmenį bei matydami, kad vokiečių yra budriai sekami, jie stengėsi oficialiai veikti tik kaip šalpos organizacija. Tačiau visi Komiteto, kuris buvo lietuvių politikos ir kultūros centras, nariai aktyviai veikė politiškai, už savo veiklą kiekvienas asmeniškai buvo atsakingas, jeigu vokiečių slaptosios policijos būtų suimtas ir tardomas.

1916 m. balandžio 29 d. Komitetas lietuvių tautos vardu parengė JAV prezidentui W. Wilsonui memorandumą – pagalbos prašymą, nurodydami jame skaudžių lietuvių tautos persekiojimo pavyzdžių – kalinimų, trėmimų, turto naikinimų ir pan.

1916 m. birželio 10 d. Politikos komiteto nariai dr. J. Basanavičius, kun. dr. J. Stankevičius, kun. dr. J. Bakšys, M. Biržiška, kun. P. Dogelis, A. Janulaitis, S. Kairys, P. Klimas, A. Smetona, A. Stulginskis, J. Vileišis ir dr. J. Šaulys pasirašė ir įteikė dviejų dalių politinį memorandumą Vokietijos okupacinės valdžios Vyriausiajam Rytų karo vadui, paliesdami dvi problemas: 1) „Apžvalga apie lietuvių tautinės minties raidą praeityje ir dabartyje“, kur plačiai apžvelgiama Lietuvos istorija nuo viduramžių iki I pasaulinio karo, nušviečiami pagrindiniai lietuvių tautinio atgimimo etapai; 2) „Apie dabarties lietuvių siekimus“, kur aiškiai išdėstyti politiniai lietuvių siekiai: atkurti demokratiniais pagrindais paremtą nepriklausomą valstybę su sostine Vilniuje. Memorandume pasisakoma ir dėl Lietuvos teritorijos sienų. Šio slapto būrelio pastangomis buvo išspausdinta ir platinama atsišaukimų bei proklamacijų prieš okupacinę vokiečių valdžią, puoselėjant būsimos laisvesnės Lietuvos viltį.

1916 m. rugsėjo mėn. nutarta Vilniuje įsteigti slaptą biurą arba politinę valdybą. P. Klimui paruošus nuostatus, politinę valdybą sudarė P. Klimas, A. Smetona, J. Šaulys, S. Kairys, kun. J. Bakšys, o kandidatai buvo A. Janulaitis, kun. J. Stankevičius.

Kun. J. Bakšys puikiai mokėjo vokiečių kalbą, todėl turėdavo rašinėti vokiečių įstaigoms įvairius raštus ir pats lankytis pas vokiečių aukštuosius pareigūnus nukentėjusių lietuvių reikalais. Dažnai su tais pareigūnais ginčydavosi ir teisėtus lietuvių reikalus visada sugebėdavo teigiamai išspręsti. 1915 m. vokiečių komendantūroje jis aktyviai gynė lietuvių pabėgėlių reikalus ir lietuvių kalbos teises. 1916 m. kun. J. Bakšys su A. Smetona ir E. Vileišiene važiavo pas Vokietijos vyskupus dėl pašalpų rinkliavos, nes karo metu Vilnius buvo atskirtas nuo provincijos ir gyventojai ėmė badauti.

Kun. J. Bakšys su E. Vileišiene ypač rūpinosi našlaičių likimu: steigė vaikų prieglaudas, ieškojo jiems maisto, drabužių ir kt. Kadangi mieste našlaičių reikalus tvarkyti buvo labai sunku, tai jis vieną prieglaudą įsteigė Rūdiškėse, kur surado tinkamas patalpas. Dažnai vykdavo į kaimus pas ūkininkus prašyti našlaičiams maisto: duonos, miltų, mėsos, kitų aukų. Paaukotą maistą pats nešdavo ant savo pečių į prieglaudą. Vokiečiai pykdavo, žandarai gąsdindavo, bet jis tiesiai jiems į akis sakydavo, kad tik dėl jų, vokiečių, tiek daug našlaičių ir moksleivių Vilniuje skursta.

Kartais okupacinė valdžia ir kun. J. Bakšį areštuodavo. 1916 m. liepos 18 d. jis buvo suimtas kartu su J. Vileišiu, A. Smetona, E. Vileišiene, J. Basanavičiumi, P. Gaidelioniu. Visi buvo tardomi dėl platinamų atsišaukimų prieš vokiečius. O 1916 m. gruodžio 2 d. vokiečių žandarų jis kartu su A. Smetona buvo suimtas Vilniaus geležinkelio stotyje, kai grįžo iš Kauno, ir buvo kalinamas Lukiškių kalėjime. Tardytas dėl pasklidusių slaptų atsišaukimų, keliančių nepriklausomybės šūkius.

1916 m. sausio 14 d. kun. J. Bakšys Vilniuje išleido kalendorių 1916 metams „Vilniaus aidas“, kuris buvo išspausdintas 15 000 egz. tiražu. Spalvotą viršelį paruošė dailininkas Antanas Žmuidzinavičius. Baiminantis, kad vokiečiai kalendoriaus nekonfiskuotų, iš pradžių jis buvo platinamas provincijoje.

Kai rytuose pradėjo braškėti vokiečių frontas, kun. J. Bakšys su A. Smetona ir kitais bendraminčiais rašė į laikraščius straipsnius ir atsišaukimus plačiajai visuomenei apie Lietuvos prisikėlimą, dalyvavo verčiant įvairias knygas, brošiūras, spausdinamas vokiečių kalba lietuvybės idėjai kelti. Buvo pradėta ruošti daug vadovėlių naujai tautinei mokyklai („Skaitymų pradžia“, „Geografijos pradžia“, „Aritmetikos uždavinynas“ ir kt.). Vilniaus lenkai šovinistai tuo metu pradėjo kelti aukštyn galvas. Jie dar prieš karą norėjo veiklųjį lietuvybės gaivintoją išguiti iš Vilniaus, o karo metu jų neapykanta dar labiau padidėjo. Kun. J. Bakšys su jais ryžtingai kovojo, laikraščiuose aprašydavo įvairias lenkų šovinistų blogybes, tad šie pradėjo jį skųsti vyskupui.

1917 balandžio 7 d. vyko susirinkimas dėl lietuviško laikraščio leidimo. Numatytas pavadinimas „Vilniaus aidas“, o redakcija – A. Smetona, K. Šaulys, P. Bugailiškis, J. Bakšys, P. Klimas. Tik po didelių vargų, 1917 rugsėjo 6 d. išleistas pirmas laikraščio „Lietuvos aidas“ numeris. Kun. J. Bakšys konfliktuodamas su vokiečių administracija dėl laikraščio leidimo net pateko į Lukiškių kalėjimą, kuriame praleido kelis mėnesius.

1917 m. gegužės 25 d. memorandume, kurį pasirašė 44 žymūs „visų Lietuvos lenkų politikos pakraipų“ atstovai, tarp jų ir Vilniaus vyskupijos administratorius K. M. Michalkevičius, įteiktame Vokietijos reichskancleriui dr. von Bethmann-Hollwegui, reikalaujama, kad Lietuva su Lenkija sudarytų bendrą valstybę ir būtų neatskiriama jos dalis. O kai liepos 10 d. Vilniaus lietuvių veikėjai – dr. J. Basanavičius, A. Smetona, A. Žmuidzinavičius, dr. J. Šaulys, kun. dr. J. Bakšys, kun. dr. J. Stankevičius, P. Klimas, dr. A. Vileišis, A. Gylys, A. Stulginskis, Č. Landsbergis, kun. kan. J. Kukta, kun. prof. T. Brazys, kun. A. Varnas, D. Malinauskas, kun. A. Petrulis, kun. V. Mironas, kun. J. Stašys ir kun. K. Ribikauskas – naujam Vokietijos kancleriui G. Michaeliui įteikė pasirašytą savo platų atsakymą – kontrmemorandumą į lenkų nepagrįstus tvirtinimus ir netiesą, pabrėždami, kad lietuviai „negali kitaip sau vaizduotis savo ateities, kaip tik nepriklausomybės pavidalu“ ir „tas noras tapo nebeįveikiamas ir nebeišdildomas“, tai ne tik vokiečiai, bet ir lenkai pradėjo skųsti. Negalėdami nieko padaryti pasauliečiams, kibo į kunigus. Vilniaus vyskupijos administratorius K. M. Michalkevičius panaudojo griežtas sankcijas: be jokio bažnytinio teismo penkis lietuvių kunigus (J. Bakšį, J. Kuktą, T. Brazį, J. Stankevičių, A. Varną), kurie pasirašė po lietuvių memorandumu, suspendavo vienam mėnesiui. Baudė už „maldingo kataliko jausmų užgavimą ir papiktinimą“. Jeigu kunigai neturėtų iš ko pragyventi – pasiūlė Gardino vienuolyną, o vėliau kun. J. Bakšį paskyrė vikaru į Merkinę.

Bet kun. J. Bakšys ir toliau dirbo savo mėgiamą darbą, jam visiškai nerūpėjo jokie turtai, džiaugėsi, kad gali atsidėti lietuvybės idėjos ir tautos darbams. Prisidėjo organizuojant visų vietovių ir luomų lietuvių atstovų konferenciją, kuri vyko 1917 m. rugsėjo 18-22 d. Vilniuje, buvo jos dalyvis (iš viso konferencijoje dalyvavo 222 atstovai). Jo namuose gyveno Utenos krašto atstovai. Konferencijoje buvo priimta rezoliucija, kad Lietuva turinti būti nepriklausoma ir demokratinė valstybė etnografinėse ribose, taip pat slaptu balsavimu posėdyje buvo išrinkta Lietuvos Taryba (iš 20 asmenų), kuri vėliau – 1918 m. vasario mėn. 16 d. – paskelbė Lietuvos nepriklausomybę.

1919 m. Raudonosios armijos kariams užėmus Vilnių, vasario 1 d. kun. J. Bakšys slapta, persirengęs civiliais rūbais, iš Vilniaus pabėgo, nes bolševikai jo ieškojo areštuoti ir išvežti į Rusiją kaip įkaitą.

Atvykęs į Merkinę, rado tamsų dzūkų kampelį. Vilniaus švietimo draugijos „Rytas“ vardu pradėjo steigti pradžios mokyklas, kurios sulaukė didelio pasisekimo. Klebonas Kazimieras Ribikauskas labai džiaugėsi sulaukęs tokio uolaus bei ryžtingo veikėjo, nes tuo metu kaip tik vyko kovos su prie Merkio ir Nemuno krantų besiveržiančiais lenkais. Kun. J. Bakšys skatino jaunimą imtis ginklo ir stoti savanoriais į kovą dėl Lietuvos nepriklausomybės, savo autoritetu bei gyvu žodžiu ypač paveikdamas Dainavos krašto jaunimą. Jis pats įstojo į Lietuvos šaulių sąjungą, aktyviai dalyvavo jos veikloje. Nuo 1920 m. rudens iki 1923 m. pavasario Merkinėje buvo įsikūręs Alytaus (IV) Šaulių lauko štabas (vėliau pertvarkytas į IV Šaulių grupės štabą), kuris vadovavo šaulių kovos veiksmams su lenkų kariais ir partizanais. 1920 m. šio štabo nariu buvo ir kun. J. Bakšys.

1919 m. liepos 8 d. į Merkinę įsiveržė 160 lenkų kariuomenės raitelių, kurie vėliau pasitraukdami suėmė ir išsivarė į Varėną kunigus K. Ribikauską ir J. Bakšį. Sąmoningi merkiniškiai, gailėdamiesi savo geradarių, kreipėsi į netoliese buvusią lietuvių karinę vadovybę, prašydami už juos suimti keletą įtariamų lenkų. Kai Merkinės lietuvių komendantas Br. Balčiūnas įsakė suimti 12 žymesnių Merkinės lenkomanų, pilsudskininkai, bijodami, kad jų „prošepanams“ kas bloga neatsitiktų, liepos 10 d. kunigus paleido.

1919 m. rugpjūčio mėn. lenkų kariuomenė okupavo Merkinę ir pusę jos valsčiaus. Visi vietos inteligentai pasišalino, tik kun. J. Bakšys, kaip vikaras, pasiliko dirbti. Daugiausiai nukentėjo lietuviškos mokyklos. Turėdamas nepaprastos energijos ir būdamas tvirto būdo, kun. J. Bakšys skatino žmones šviestis, sakydamas, kad „tik per šviesą kelias į gerą ateitį“. Lenkomanai šnipeliai skųsdavo lenkų administracijai lietuvius veikėjus, Merkinės parapijos kunigus, kuriuos lenkai stropiai sekė ir kurį laiką laikė namų arešte. Tada Merkinės apylinkėse užvirė partizanų kovos su įsibrovėliais lenkais, kurie grobstė iš gyventojų turtą. Partizanai su šauliais padėdami kariuomenei ne tik sulaikė besiveržiančius lenkų dalinius, bet kai kur juos sumušė ir tolokai atstūmė atgal. Kai lenkų kariai iš Merkinės pasitraukė, miestelis tapo lietuvybės centru. Susiorganizavo valsčiaus savivaldybė, kurios pirmasis sekretorius buvo S. Kvilonas, ilgametis kaimo mokyklų „daraktorius“. Vėliau atidaryta pradinė mokykla, kuriai vadovavo mokytojas Juozas Bloznelis (1923 m. vasario 8 d. lenkų partizanų nužudytas – aut. past.).

Gyvendamas Merkinėje kun. J. Bakšys įgijo didelę gyventojų pagarbą. 1921 m. gaisrui sunaikinus apie pusę miestelio, daug žmonių liko be pastogės ir maisto. Kun. J. Bakšys pirmasis ėmė organizuoti padegėliams pagalbą. Įrengė 2 virtuves: vaikams ir suaugusiems, bei savo lėšomis pasamdė virėją, kuri katiluose virė valgį nukentėjusiems. Kadangi vien savo lėšomis padėti neįmanoma, kun. J. Bakšys išrūpino iš valdžios 1 200 pūdų javų, kreipėsi į Amerikos lietuvių draugiją ir Raudonojo Kryžiaus organizaciją. Iš Amerikos buvo gaunami pinigai, drabužiai ir net maisto produktai. Tokiu būdu kun. J. Bakšio dėka buvo šelpiami žmonės.

1921 m. pradžioje kun. J. Bakšys buvo paskirtas Žiežmarių vidurinės mokyklos kapelionu ir išvyko iš Merkinės. Jam išvažiavus, atrodo, viskas apmirė, bet neilgam.

Kun. J. Bakšys su profesoriumi Vincu Krėve-Mickevičiumi buvo artimi bičiuliai. Susitikę sielodavosi dėl Dzūkijos jaunimo ateities. 1921 m. gegužės pradžioje jie pasitarę nusprendė, kad Merkinėje reikia steigti progimnazijos tipo 4 klasių vidurinę mokyklą. Švietimo ministrui parašė tokį prašymą (kalba netaisyta – aut. past.): „Merkinė, dzūkų centras, yra labai apleistas žmonių švietimo atžvilgiu. Pačioje Merkinėje yra dabar tik pradžios mokykla su vienu mokytoju. Praeitais metais mokykla silpnai gyvavo, nors būstas didelis, erdvus, bet valsčiaus valdyba nesirūpino jo taisyti. Vaikų prisirinko ligi šimto, vienas mokytojas nesugebėjo sutvarkyti. Miestelis sulenkėjęs, lenkų mokyklos vis dėlto ligi šiolei nebuvo, miestelėnai leido savo vaikus į lietuvių mokyklą. Jei šiemet bus tik vienas mokytojas, miestelėnai gali pareikalauti kitos mokyklos lenkų kalba. Jei Merkinėje būtų įsteigta vidurinė mokykla, tai ir miestelėnai būtų patenkinti. Žmonės labai dejuoja, kad Merkinėje nėra vidurinės mokyklos, Alytus ir Prienai jiems labai toli. Dideliuose dviejų aukštų valsčiaus mūro namuose būtų pakankamai vietos vidurinei mokyklai. Antrajame aukšte yra penki kambariai: viena salė labai didelė, kiti kambariai irgi nemaži. Yra dar ir kiti gražūs vieno aukšto mūro namai, valsčiaus prieš karą pirkti, tik karo metu baisiai apleisti. Tieji namai stovi gražioje vietoje ant kalno, prie namų yra žemės gabalėlis. Šiemet tų namų negalima būtų paimti mokyklai, nes reikalauja daug remonto, užtektų vietos vienuose valsčiaus namuose, ten remontas būtų nedidelis: reiktų tik langai ir pečiai apžiūrėti, gal ir sienos pabaltinti. Jei Švietimo Ministerija žadėtų steigti mokyklą ir norėtų apleistuosius namus remontuoti, galėtų remonto darbą pavesti vietos klebonui kun. Kaziui Ribikauskui, kuris gerai nusimano apie trobesių statymą ir remontus“.

1921 m. rugsėjo 19 d. Pradžios Mokslo Departamentas raštu kreipėsi į Merkinės valsčiaus valdybą, siūlydamas steigti Merkinėje vidurinę mokyklą su sąlyga, kad vietos savivaldybė duotų mokyklai būstą, kuro ir aptarnavimą. Valsčiaus valdyba spalio 6 d. sušaukė kaimų seniūnų susirinkimą (tuo metu nebuvo Tarybos, nes jos rinkimus Taikos teisėjas buvo panaikinęs) ir priėmė tokį nutarimą (kalba netaisyta – aut. past.): „1921 metų spalių mėnesio 6 diena. Mes, žemiau pasirašę šaltyšiai nuo Merkinės valsčiaus kaimų, susirinkę šiandieną valsčiaus būste, išklausėme Merkinės valsčiaus valdybos pranešimo apie įsteigimą Merkinėje vidurinės mokyklos, kurią sutinka įsteigti Švietimo Ministerija ir apsiima mokėti mokytojams algas ir duoti pašalpos, jei vietos savivaldybės padarys nutarimą aprūpinti mokyklą būstu, kuru, šviesa ir patarnavimu. Apie įsteigimą minėtosios mokyklos pranešta Pradžios Mokslo Departamento raštu iš rugsėjo 19 d. Nr. 7253. Pasikalbėję tarp savęs mes, kaimo šaltyšiai, vienu balsu nutarėme: a) kad vidurinė mokykla Merkinėje yra reikalinga ir labai pageidaujama, b) būstą steigiamai mokyklai atremontuoti ir tinkamai pataisyti valsčiaus namų antrajame aukšte valsčiaus lėšomis, c) remontui padaryti ir apžiūrėti išrinkti iš mūsų tarpo komisiją iš šių asmenų (eina 11 parašų). Remontą pradėti tuojau, kad nesusitrukdytų mokymo darbas“.

1921 m. spalio 1 d. Švietimo ministerija steigiamos vidurinės mokyklos direktoriumi paskyrė Žiežmarių vidurinės mokyklos kapelioną kun. dr. J. Bakšį, kuris spalio 10 d. atvyko į Merkinę. Įsteigus pirmąją klasę, pirmosios pamokos prasidėjo spalio 21 d. Mokinių buvo 41, ir visi beveik peraugę.

Direktorius kun. J. Bakšys per bažnyčią, organizacijas ir savivaldybę kvietė visus geros valios lietuvius prisidėti kas kuo gali. Pats vyko į kaimus prašyti lentų, plytų ir kitokių statybinių medžiagų. Mokyklai dar stigo suolų, mokslo priemonių ir kitokių būtinų dalykų. Kun. J. Bakšys kreipėsi į Amerikoje gyvenančius dzūkus, kad šie paremtų švietimo židinį. Pirmasis atsiliepė kun. Juozas Čaplikas, kuris pats aukojo ir daug aukų surinko iš kitų. Mokykla gana greitai buvo aprūpinta mokymo priemonėmis. Ko negalėjo gauti iš Švietimo ministerijos, pirko už paaukotus arba savo pinigus. Ją lankė daug mokinių. 1922 m. sausio pradžioje buvo įkurta ir antroji klasė, kurioje mokėsi tik 12 mokinių, o kitais metais – jau keturios klasės. Pradėjo dirbti šeši mokytojai. 1922 m. mokyklą lankė jau 118 mokinių, tarp mokytojų buvo netgi profesorius kun. T. Brazys. 1923 m. rugsėjo 16 d. iš Merkinės valsčiaus valdybos buvo perimtas visas dviejų aukštų namas, kuriame, grįždamas iš Vilniaus į Varšuvą buvo apsistojęs, susirgo ir 1648 m. gegužės 20 d. mirė karalius Vladislovas IV Vaza. Per porą mėnesių apgriautas didelis mūrinis namas pavirto gražia ir erdvia vidurine mokykla. Buvo atliktas kapitalinis remontas, kiemas išvalytas, aptvertas bei apsodintas medeliais.

Dainavos krašto jaunimas labai veržėsi į mokslą. Net iš lenkų okupuotų kaimų – Marcinkonių, Darželių, Puvočių, Kašėtų, Musteikos, Randamonių, Žiogelių – jaunuoliai slaptai pereidavo demarkacijos liniją ir mokėsi Merkinės vidurinėje mokykloje. Čia dažnai būdavo ruošiami vaidinimai, koncertai ir kitokie tautiniai bei kultūriniai renginiai, kuriuos visuomenė labai gausiai lankydavo. Merkinės nutautėję lietuviai, ypač tie, kurių sūnūs buvo pabėgę į Lenkijos kariuomenės legionus, pyko ir su pagieža sakydavo: „Žiūrėkit, ką tie chamai išdarinėja!“. Buvo agituojama, kad vidurinė mokykla Merkinei nereikalinga, kad tik buržujams ji tetarnausianti. Kun. J. Bakšys į partijų reikalus nesikišo, visą laiką buvo pasišventęs darbui mokykloje. Šventadieniais su mokiniais eidavo pasivaikščioti. Kelis kartus dainuodami buvo nuėję net prie pat demarkacinės linijos.

Dėl tokios veiklos lenkai šovinistai kun. J. Bakšio neapkentė. 1924 m. lapkričio 20 d. jis gavo anoniminį laišką, kuris buvo parašytas lietuviškai, bet mažai raštingo žmogaus. Laiške primenama kun. J. Bakšiui, kad jis per uoliai darbuojasi ne tik mokykloje, bet ir šaulių organizacijoje. Girdi, užfrontės lenkai laiko jį „šaulių karaliumi“. Laiško autorius sakosi, kad jis gyvenąs lenkų okupuotame krašte ir dažnai susitinkąs lenkų slaptosios policijos agentus, kurie yra pasiryžę „tave, mielas kunigėli, nužudyti“. Laiškas baigiamas: „kol dar nevėlu, bėk iš tos Merkinės, nes kitaip pirm laiko žūsi“.

Po savaitės kun. J. Bakšys gavo antrą panašų laišką. Tada jau rimtai susirūpino. Kolegos mokytojai patarė jam įsigyti ginklą, bet jis pasakė: „Kas ginklu kovoja, tas nuo ginklo ir žūva“, dar sakė, kad vakarais niekur nevaikščiosiąs ir Kalėdų atostogų metu prašysiąs Švietimo ministerijos ilgesnių atostogų.

1924 m. gruodžio 17 d., trečiadienį, buvo savaitinė turgaus diena Merkinėje. Tą dieną iš visur suvažiavo daug žmonių. Aplink mokyklą stovėjo daugybė vežimų ir arklių. Mokyklos direktorius kun. J. Bakšys, be tiesioginio darbo mokykloje, turėjo daug reikalų raštinėje ir su interesantais. Į Merkinę pirmą kartą iš Alytaus atvažiavo kinematografininkas Petraškevičius – mokiniams atvežė parodyti keletą filmų. Kreipėsi į mokyklos direktorių, kad jis leistų pasinaudoti mokyklos sale, sakėsi turįs Švietimo ministerijos leidimą. Direktorius, patikrinęs filmų tinkamumą pedagoginiu atžvilgiu, patarė tartis su mokytoju J. Rinkevičiumi. Nuo 19 val. vyko kino filmų demonstracija. Išleidus mokinius namo ir sutvarkius salę, kun. J. Bakšys kilnojamojo kinematografo savininką Petraškevičių ir du mokytojus – Rėklaitytę ir J. Rinkevičių – pakvietė į savo butą vakarienės. Tik pradėjus vakarieniauti, apie 21 val. 30 min. kažkas pasibeldė į prieangio duris. Kadangi sargas buvo antrame aukšte, kun. J. Bakšys greitai atsistojo ir priėjęs prie lauko durų paklausė: „Kas čia?“ Atsiliepė: „Savi“. Pravėręs duris, pamatė nepažįstamą žmogų, kuris tuoj paleido į kun. J. Bakšį du šūvius, o pats pasislėpė. Šaudant žybtelėjusi ugnelė nušvietė dviejų piktadarių veidus. Kun. J. Bakšys greitai uždarė duris ir sušuko: „Mane šovė!“ Jis įbėgo atgal į kambarį, ranka buvo užsiėmęs krūtinę ir paprašė gydytojo. Sunkiai sužeistas čia pat krito ant kėdės, o iš jo krūtinės tryško kraujas. J. Rinkevičius išbėgo pas gydytoją Kovarskį, kiti – į policiją ir paštą. Likusi prie kunigo mokytoja Rėklaitytė ėmė jį raminti ir kalbinti atsigulti į lovą, bet jis dar ilgą laiką vaikščiojo ir gėrė vandenį, o kraujas iš abiejų žaizdų krūtinėje smarkiai tekėjo. Kadangi lauke buvo tamsu, ir judėjimas miestelyje tokiu metu mažas, pasikėsintojams pavyko lengvai pasislėpti. Gydytojui Kovarskiui suteikus pirmąją pagalbą, ligonis prasiblaivė. Jis daug kalbėjo mokyklos reikalais, apsirūpino šventais sakramentais. Per tą laiką iš Alytaus atvažiavo daktaras Petrovas. Telefonu buvo susisiekta su Kaunu ir pranešta tuometiniam finansų ministrui dr. P. Karveliui, kunigo sesers Veronikos vyrui. Apie antrą valandą nakties jis atvažiavo su chirurgu dr. Kuzma ir išsivežė sužeistąjį į Kauną. Šią kelionę vėliau kunigas vadino savo kelione į Kalvariją. Praėjo keletas valandų, kol buvo pasiekta Kauno miesto ligoninė, kurioje atlikta operacija. Per operaciją vienos kulkos, įstrigusios stubure, neišėmė. Kunigas jautėsi neblogai, tik artimiesiems skundėsi, kad jį labai vargina lankytojai, o ypač žurnalistai. Būdamas stiprus tikėjosi pasveikti ir toliau dirbti savo mėgiamą darbą, bet 1925 m. sausio 7 d. 15 val. staiga mirė nuo kraujo krešulio. Palaidotas Utenos miesto kapinėse, šalia savo brolio kunigo (2004 m. gruodžio 28 d. J. Bakšio kapas dėl istorinės vertės įtrauktas į Lietuvos Respublikos kultūros paveldo registrą – aut. past.).

Po kun. J. Bakšio mirties apmirė ir visas Merkinės miestelis. Šaulių būrio veikla susilpnėjo, nors, kaip rašoma būrio praeities aprašyme: „Bakšio dvasia liko viso šio krašto šaulių tarpe, kurie pasiryžę nors erškėčių takais, nors per kraują eiti Bakšio keliu. Tuo keliu eidami mes žadinsime savo broliuose tautišką susipratimą ir nueisime į mūsų gyvybės šaltinį – Vilnių“.
 

1924 m. gruodžio 18 ir 19 d. kriminalinė policija sulaikė 3 įtariamuosius, tačiau jų kaltės nepavyko įrodyti. Dėl kun. J. Bakšio žūties yra keletas versijų.

Buvusio Merkinės progimnazijos mokinio Juliaus Bingelio (mokėsi 1921-1924 metais) prisiminimuose „Merkinės vidurinė mokykla“ apie kun. J. Bakšio mirtį taip rašoma (kalba netaisyta – aut. past.): „Merkinė – smėlėtas kraštas. Žmonės gyveno skurdžiai. Kaimuose gyveno vien lietuviai ir vertėsi žemės ūkiu. Mieste gyveno kitataučiai žydai ir vertėsi amatais, verslais ir prekyba. Bakšys radęs tokią padėtį visa savo energija ėmėsi šviesti. Ragino mokytis amatų, verstis verslais, prekyba. Merkinėje buvo įsteigtas kooperatyvas, kuris labai gerai veikė, turtėjo. Tokiu būdu mažino kitataučiams žydams pelnus. Kai kurie ėjo prie bankroto. To kaltininku buvo laikomas Bakšys. Reikalu laikė jį pašalinti. Tam įvykdyti proga buvo ant lenkų suversti, nes aplinkui siautėjo lenkų kareiviai „Tatarska Jazda“. Tai buvo plėšikai ir žmogžudžiai. (…) Taip pasinaudojo žydai tuo laiku lenkų žudymais, paleido gandą, tarp kitų, net vieną moterį, Sakalauskienę, nužudžius Bakšį. Iš tikrųjų Sakalauskienė buvo perėjusi į lenkų valdomą Lietuvos pusę ir iš ten išvykusi į Ameriką pas savo vaikus. Sakalauskienė buvo kilusi iš Pašilingės kaimo, bemokslė, tamsi kaimo moteris. Išgirdusi tokį gandą, labai verkusi, sakėsi, kad ji niekuo nekalta. Nuo tokio didelio kaltinimo apsirgusi, prie liudininkų sakė nieko nežinanti apie Bakšio nužudymą, atlikusi išpažintį, mirė. Bingelių gatvėje buvo dviejų galų namas. Viename namo gale gyveno kepurininkas, kitame siuvėjas, kriaučius. Šio „kriaučiaus“ sūnus vardu Mifke pasikėsino prieš dr. kun. Juozo Bakšio gyvybę. <…>“.

Tikrieji žudikai niekada nebuvo sulaikyti, tačiau Dainavos krašto švietėjo kun. J. Bakšio nužudymas vis dėlto buvo siejamas su lenkais. Dauguma Merkinės miestelio gyventojų kalbėjo lenkų žargonu ir laikė save lenkais. Vienas kitas iš jų buvo pasitraukęs į Lenkiją, bet slapta palaikė ryšius su merkiniškiais „lenkais“. Kun. J. Bakšys nebuvo visiškai nutraukęs ir politinės veiklos. Per jį Nepriklausomos Lietuvos vyriausybė palaikė ryšį su okupuoto Vilniaus lietuvių visuomenės politiniais veikėjais, taip pat per jį buvo siunčiami ir visi Vilniaus lietuvių darbui skiriami pinigai. Istorinėje literatūroje yra rašoma, kad (kalba netaisyta – aut. past.): „ Aiškėja kun. Bakšio užmušėjai. Iš patikimų šaltinių gautom žiniom aiškėja, kad praėjusiais metais nužudė Merkinės kunigą dr. Bakšį du lenkų žvalgybos agentai iš Druskininkų“ ir „1924 m. gruodžio 17 d. į Merkinę slapta atvykę iš okupuoto Vilniaus krašto Druskininkų lenkų žvalgybos agentai Michalakovskis su sėbru revolverio šūviais sunkiai sužeidė J.Bakšį, kuris 1925 m. sausio 7 d. mirė Kaune“.

Kun. J. Bakšys Dainavos krašte nebuvo pamirštas. 1925 m. kovo mėn. Merkinės vidurinės mokyklos pedagogų taryba nutarė prašyti Švietimo ministerijos, kad leistų mokyklą pavadinti kunigo dr. J. Bakšio vardu, nes jis buvo pirmas mokyklos steigėjas ir uolus jos darbininkas (duomenų, kad mokykla būtų pavadinta J. Bakšio vardu nepavyko rasti, tačiau yra žinoma, kad 1929 m. kartu su dar 14 mokyklų, Merkinės progimnazija buvo uždaryta – aut. past.).

1928 m. prie Merkinės valsčiaus valdybos namo išorinės sienos buvo prikalta lenta su žuvusių dėl Lietuvos laisvės vardais:

1918-1928

Garbė žuvusiems už

Lietuvos Nepriklausomybę

A. A. kun. dr. Juozas Bakšys

Mokytojas Juozas Bloznelis

Simas Miškinis

Julius Žėkas

Kazys Janulevičius

Vincas Jezerskis

Vaclovas Zurlys

5-ajame dešimtmetyje ši memorialinė lenta buvo sunaikinta, o 1993 m. toje vietoje pritvirtinta lentos kopija, kurią padarė mokytojas Juozas Kaupinis.

1928 m. birželio mėn. Merkinės būrio 30 šaulių, apdovanotų Lietuvos nepriklausomybės medaliais, sąraše yra įrašytas ir kun. Juozas Bakšys (po mirties).

1931 m., minint Šaulių sąjungos dieną, birželio 24-ąją paskelbtas nutarimas „Apdovanoti žuvusius dėl Lietuvos nepriklausomybės šaulius ir partizanus, pasižymėjusius tėvynės gynimo ir Šaulių sąjungos kūrimo darbe“. Šaulių žvaigždės ordinu (diplomo Nr. 180) buvo apdovanotas ir šaulys kunigas Juozas Bakšys (po mirties).

1934 m. leidinyje „Mūsų Vilnius“ straipsnio „Vilniečių apaštalą A. A. kun. dr. J. Bakšį atsiminus“ autorius J. Ziminskas pakvietė įamžinti kun. J. Bakšio atminimą ir pastatyti paminklą (kalba netaisyta – aut. past.): „Kaip matome, kun. J. Bakšys visą savo gyvenimą dirbo savo mylimam kraštui ir žuvo stovėdamas jo sargyboje. Tad artėjant liūdnoms jo mirties dešimtmečio sukaktuvėms, Lietuvos laisvoji visuomenė turėtų tinkamai velionį paminėti ir pastatydinti jo garbei atitinkantį paminklą. Vilniečiai tremtiniai ypatingai turėtų parodyti iniciatyvos pagerbti savo didžiojo apaštalo atmintį. Tam reikalui neatidėliojant turėtų įsisteigti kun. dr. Juozui Bakšiui paminklo statymo fondas, be to, sukaktuvių proga apie kun. J. Bakšį turėtų būti suorganizuota eilė paskaitų. Paminklui statyti fondą geriausia būtų steigti prie Vilniui Vaduoti Sąjungos. Provincijoje, kur tik yra bent vienas vilnietis, turėtų būti jo iniciatyva įsteigtas kun. J. Bakšiui paminėti komitetas, turėtų būti parinkta aukų ar kitokiu būdu parūpinta paminklo statymui lėšų. Atiduokime kas pridera mūsų didžiajam veikėjui, įamžinkime jo garbingą atmintį, pastatydinkime jam atitinkamą paminklą toje vietoje, kur jis paskutinį laiką dirbo ir savo gyvybę ant tėvynės aukuro sudėjo“.

Tačiau apie lėšų rinkimą paminklo statybai ar paminklo pastatymą duomenų nerasta.

Tarpukariu Alytuje gatvė prie Šv. Angelų bažnyčios buvo pavadinta dr. kun. J. Bakšio vardu, o Atgimimo laikotarpiu Merkinėje viena gatvė pervadinta jo vardu.

Kun. J. Bakšys kultūros ir švietimo darbą mylėjo bei mokėjo jį dirbti. Negalima jo užmiršti ir kaip svarbaus visuomenės veikėjo, padėjusio kurti nepriklausomos Lietuvos pagrindus. O darbas Merkinėje, prie neramios demarkacinės linijos, taip pat buvo labai reikšmingas Lietuvai. Jis, žadindamas tautinę lietuvių savimonę, buvo ryškus šviesulys Dainavos padangėje, iki mirties rūpinosi mokykla, mokytojais ir auklėtiniais. Jo darbo vaisiais visi džiaugėsi, bet to džiaugsmo lietuvybės priešai labiausiai pavydėjo…

Lenkų šovinistai žinojo, kokį žmogų pasirinkti savo auka. O taurusis kunigas iš Asmalų žiemos vidurnaktį krito už Lietuvą su kenčiančio ant kryžiaus Kristaus žodžiais: „Viešpatie, atleisk jiems!“